Matija Fortuna rođen je 06.12.1985. godine u Koprivnici. Godine 2001. maturirao je na odsjeku za tamburu u Glazbenoj školi Alberta Štrige u Križevcima, kao prvi maturant u povijesti Hrvatske na tom instrumentu.
Na Muzičkoj akademiji Sveučilišta u Zagrebu diplomirao je u rujnu 2009. godine na studiju Glazbene teorije pod mentorstovom profesora Berislava Šipuša. U listopadu 2011. godine diplomirao je i Orkestralno dirigiranje u klasi profesora Vjekoslava Šuteja i Uroša Lajovica. Dobitnik je Top stipendije za akademsku godinu 2010/2011. U okviru Erasmus programa za razmjenu studenata, 5. godinu studija dirigiranja proveo je na Akademiji za glazbu i primjenjenu umjetnost u Beču. Živi u Beču gdje je u lipnju 2013. godine završio poslijediplomski studij dirigiranja na Akademiji za glazbu i primjenjenu umjetnost, u klasi profesora Uroša Lajovica. Operno dirigiranje učio je kod profesora Konrada Leitnera, opernu korepeticiju kod profesora Mariusa Burkerta, a studirao je i na postdiplomskom studiju klavira, komorne glazbe i lieda u klasi profesorice Roswithe Heintze.
Za vrijeme postdiplomskog studija u Beču imao je priliku raditi s dva velika svjetska dirigenta (Bertrand de Billy i Fabio Luisi), te su ga obojica odabrala da dirigira orkestrom Pro arte na završnim koncertima dirigentske klase u Beču. U suradnji s Odsjekom za glazbeni teatar na Muzičkoj akademiji u Beču dirigirao je operu Der Freischütz Carl Marie von Webera, rock-operu Black rider Toma Waitsa, zatim operu Mavra i balet Pulcinella Igora Stravinskog, te Der Schauspieldirektor Wolfganga Amadeusa Mozarta.
U listopadu 2015. godine Matija Fortuna bio je polufinalist međunarodnog dirigentskog natjecanja Lovro von Matačić. Zaposlen je na Muzičkoj akademiji Sveučilista u Zagrebu, kao asistent na Odsjeku za dirigiranje.
U studenom 2015. godine Matija je asistirao maestru Villeu Matvejeffu u pripremi opere Andrea Chenier Umberta Giordana.
Matija Fortuna sudjelovao je na raznim dirigentskim seminarima u Hrvatskoj i inozemstvu, među kojima valja istaknuti seminare u Moskvi sa poznatim ruskim dirigentom i pedagogom Yurijem Simonovim, gdje je imao priliku dirigirati Moskovskom Filharmonijom (2013. i 2014. godine). Usavršavao se kod mnogih uvaženih dirigentskih pedagoga: Nicolas Pasquet, Colin Metters, Georg Fritzsch, Mark Heron, Clark Rundell, Ralf Weikert, Gianluigi Gelmetti, David Reiland, Alun Francis, Karolos Trikolidis, Stephen Cleobury, Gerald Wirth i dr. Godine 2009. primio je nagradu Agencije za odgoj i obrazovanje za izvrsne rezultate u radu s učenicima.